More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0660 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 316 aa  371  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 300 aa  340  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 299 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 317 aa  319  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 298 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 308 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 313 aa  290  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 302 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.49 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 302 aa  275  5e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  49.15 
 
 		 301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 298 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 302 aa  266  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 342 aa  265  8e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 301 aa  255  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  48.43 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 310 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 315 aa  230  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 320 aa  224  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.6 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 311 aa  215  9e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.59 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 290 aa  198  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 335 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>