More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3910 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 292 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 292 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 307 aa  278  9e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.31 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 302 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.5 
 
 		 300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 292 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.7 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.79 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 293 aa  229  6e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.73 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 		 306 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.25 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 295 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 306 aa  218  7e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 324 aa  215  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.13 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 324 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>