More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4510 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 301 aa  329  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.76 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  34.26 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 327 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  32.32 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 324 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  37.46 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 399 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>