More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5003 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  76.92 
 
 		 319 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 317 aa  231  9e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 322 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 298 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 319 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 342 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  205  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  39.59 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 324 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.73 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 415 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 428 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 435 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.49 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 324 aa  185  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.42 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 289 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  180  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  178  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>