More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4953 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  96.35 
 
 		 301 aa  533  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  85.05 
 
 		 302 aa  467  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  73.83 
 
 		 302 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 296 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 296 aa  364  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  62.08 
 
 		 296 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 302 aa  325  6e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 298 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 301 aa  309  5e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 310 aa  308  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 298 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 300 aa  296  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 299 aa  295  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.83 
 
 		 301 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 308 aa  294  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 317 aa  292  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 312 aa  271  9e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 307 aa  270  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 309 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 315 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  52.96 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 310 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 294 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 342 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 319 aa  242  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 308 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 299 aa  235  8e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 311 aa  229  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  222  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 297 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.78 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 327 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 295 aa  202  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 323 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 323 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 351 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 351 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>