More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0463 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  50.68 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 298 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.58 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 296 aa  232  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 316 aa  227  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  44.88 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 317 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 294 aa  214  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 296 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 320 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 342 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 295 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.73 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.78 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  38.23 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2521  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26667  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.51 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>