More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3226 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  615  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.14 
 
 		 301 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  47.02 
 
 		 302 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 298 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  45.82 
 
 		 299 aa  275  9e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 296 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 298 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 298 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 301 aa  271  9e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 310 aa  269  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  49 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  50 
 
 		 301 aa  262  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 296 aa  256  4e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 313 aa  252  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  44.59 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 312 aa  228  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  45.1 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 322 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 342 aa  215  8e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 315 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 319 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 289 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.33 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 362 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 349 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 349 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 349 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 349 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>