More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1700 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  80.47 
 
 		 305 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  76.69 
 
 		 298 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  67.34 
 
 		 294 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  259  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 300 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 342 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  254  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 319 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 298 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 301 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 299 aa  246  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  50.86 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 299 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  49.13 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  48.62 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 317 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 324 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 428 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  42.71 
 
 		 435 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 415 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.71 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 324 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 307 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.79 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>