More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1872 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 301 aa  345  7e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 322 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 298 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 305 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 342 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 308 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 308 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 317 aa  208  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 319 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  44.41 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.63 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 313 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 310 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.73 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0677  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.16 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0870  MarR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>