More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1182 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  91.28 
 
 		 298 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  89.6 
 
 		 298 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  89.26 
 
 		 298 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 316 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 299 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  56.27 
 
 		 301 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  299  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 299 aa  299  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  53.9 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  56.27 
 
 		 301 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 296 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  54.76 
 
 		 302 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 296 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 317 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 302 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 310 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.05 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 312 aa  259  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 298 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 342 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 322 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 307 aa  228  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 320 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  37.81 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.31 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.52 
 
 		 290 aa  199  6e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.01 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.96 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 292 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>