More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1436 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  81.25 
 
 		 289 aa  501  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 288 aa  484  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  76.39 
 
 		 288 aa  484  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  72.2 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  68.75 
 
 		 298 aa  431  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  67.48 
 
 		 289 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 292 aa  421  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  68.18 
 
 		 289 aa  417  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 289 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  66.43 
 
 		 289 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 302 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 292 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 292 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  62.28 
 
 		 292 aa  391  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 292 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  62.28 
 
 		 290 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  62.85 
 
 		 292 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 293 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 293 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 291 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  60.41 
 
 		 293 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  61.11 
 
 		 288 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 289 aa  381  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  56.75 
 
 		 289 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  57.64 
 
 		 289 aa  371  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  58.82 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  59.58 
 
 		 290 aa  362  6e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 304 aa  329  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 298 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 298 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 302 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.06 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  48.29 
 
 		 302 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  49.31 
 
 		 292 aa  299  5e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 290 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 326 aa  262  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.83 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 294 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 338 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 291 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 295 aa  211  9e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  211  9e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.35 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.52 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 294 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  35.59 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.12 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>