More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3565 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  93.27 
 
 		 298 aa  558  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  86.91 
 
 		 309 aa  522  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 305 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  81.02 
 
 		 297 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  73.9 
 
 		 299 aa  440  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 294 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 294 aa  401  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 297 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  67.24 
 
 		 297 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 294 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 294 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  61.99 
 
 		 294 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 313 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 294 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.7 
 
 		 298 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 304 aa  358  6e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 299 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  58.22 
 
 		 299 aa  351  8.999999999999999e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 299 aa  351  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 323 aa  339  4e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 308 aa  332  4e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 308 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 297 aa  324  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 297 aa  315  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 296 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 296 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 296 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 294 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 294 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 294 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  51.72 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  47.95 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 300 aa  287  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  47.28 
 
 		 314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.68 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.8 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.83 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 312 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  36.77 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>