More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5569 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  625  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  74.5 
 
 		 304 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  77.05 
 
 		 302 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 300 aa  421  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 316 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  41.69 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.73 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 319 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 320 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 317 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 322 aa  191  9e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 312 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.07 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.59 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2691  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.993609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 334 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>