More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3324 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  70.31 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 298 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 316 aa  358  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  58.45 
 
 		 300 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 317 aa  326  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 299 aa  325  7e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 298 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 308 aa  301  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 298 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 298 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.54 
 
 		 301 aa  297  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 302 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 296 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 		 301 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 302 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 302 aa  278  9e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  54.08 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 302 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 310 aa  262  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 299 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 301 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 342 aa  254  8e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 307 aa  251  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 322 aa  251  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  47.93 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  45.97 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 319 aa  241  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 301 aa  238  6.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 315 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 290 aa  221  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.01 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.1 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.99 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 327 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 327 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>