More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5566 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 298 aa  475  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  60.75 
 
 		 299 aa  384  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 300 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 299 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 299 aa  371  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 298 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 298 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 317 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 298 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 298 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 308 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  52.2 
 
 		 302 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 301 aa  294  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 296 aa  292  5e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  51.7 
 
 		 301 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 296 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 296 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.1 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  51.02 
 
 		 302 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 302 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 301 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 310 aa  262  6e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 312 aa  256  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 299 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 299 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 305 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 308 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 309 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 319 aa  245  6e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 300 aa  238  9e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 320 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 299 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 315 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 319 aa  228  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 302 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 317 aa  218  7e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 303 aa  209  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.66 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 323 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  39.25 
 
 		 315 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 303 aa  195  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 296 aa  193  4e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.88 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 555 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.19 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>