More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3618 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  618  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  89.7 
 
 		 301 aa  556  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1801  regulatory protein LysR  46.8 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0384326  normal  0.0215354 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 334 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 334 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.8 
 
 		 301 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.866328  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 338 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1802  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  46.46 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.450792 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1655  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  46.8 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.066773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1863  regulatory protein LysR  46.46 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 334 aa  262  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 314 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 334 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  43.79 
 
 		 315 aa  255  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 335 aa  250  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  43.94 
 
 		 295 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 323 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 415 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  44.98 
 
 		 435 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 428 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 324 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 324 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 305 aa  237  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 342 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 313 aa  229  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 316 aa  229  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 298 aa  228  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.91 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 306 aa  225  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0343  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0579  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0615  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0754  LysR substrate-binding  39.39 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0832  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3728  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 314 aa  218  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 321 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1156  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.234191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>