More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4494 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  98.35 
 
 
303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  89.44 
 
 
303 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  89.44 
 
 
303 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  89.11 
 
 
303 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  89.9 
 
 
303 aa  549  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  84.28 
 
 
303 aa  526  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  54.82 
 
 
315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  54.49 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  54.49 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
338 aa  322  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 
298 aa  316  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 
300 aa  316  4e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 
334 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 
334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 
334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 
334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 
334 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 
334 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
335 aa  310  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 
303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
298 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 
342 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
297 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  51.69 
 
 
297 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 
303 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 
299 aa  289  4e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 
324 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 
314 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 
318 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
316 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0615  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 
301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 
299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 
300 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0832  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 
301 aa  286  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 
300 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 
318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 
308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 
308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
299 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 
327 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 
299 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 
300 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 
299 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3326  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 
319 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.424785 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
323 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  45.36 
 
 
302 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  45.36 
 
 
302 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
323 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  45.36 
 
 
302 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 
309 aa  279  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  49.66 
 
 
306 aa  279  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 
299 aa  278  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 
301 aa  278  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 
303 aa  278  8e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
324 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
324 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 
299 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
324 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 
301 aa  278  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
299 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 
299 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
324 aa  276  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 
300 aa  275  5e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0647  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
314 aa  275  9e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 
304 aa  275  9e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 
304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 
313 aa  273  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3728  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
297 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 
299 aa  272  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 
301 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
304 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  45.12 
 
 
295 aa  271  9e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
321 aa  271  9e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  43.77 
 
 
303 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.6 
 
 
305 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 
305 aa  270  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 
305 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 
314 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
322 aa  269  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 
303 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 
300 aa  268  7e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
305 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
303 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 
303 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
301 aa  265  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>