More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6852 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  617  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  79.61 
 
 		 317 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  75.65 
 
 		 315 aa  461  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  60.78 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  57.57 
 
 		 308 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 309 aa  265  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  46.49 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 302 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 308 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 342 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 319 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  207  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.33 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 320 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.42 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.45 
 
 		 289 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>