More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2123 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  648    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 320 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  44.66 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 312 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 319 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  44.26 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 342 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  44.1 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 296 aa  209  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.82 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  199  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 428 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 435 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 324 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 324 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 324 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.4 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  188  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>