More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4963 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 296 aa  321  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  45.45 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  44.1 
 
 		 319 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  221  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 308 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 435 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 415 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 428 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.72 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 324 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 325 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 334 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3428  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>