More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2218 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  76.69 
 
 		 299 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  74.75 
 
 		 305 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 294 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 322 aa  285  9e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 319 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 316 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 308 aa  275  9e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 319 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  51.33 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  47.59 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 342 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 298 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  49.31 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 298 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 299 aa  248  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 296 aa  245  8e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 313 aa  238  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  49.13 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.64 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  45.17 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 297 aa  228  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 312 aa  225  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.71 
 
 		 293 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 307 aa  223  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 334 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 327 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 296 aa  218  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.21 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 315 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.89 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>