More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1952 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 301 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  97.01 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  97.34 
 
 		 307 aa  595  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 300 aa  577  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 300 aa  577  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 300 aa  577  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 300 aa  577  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 300 aa  577  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 327 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 327 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  94 
 
 		 327 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  89.33 
 
 		 300 aa  555  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  551  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  87.63 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  77.93 
 
 		 309 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  77.93 
 
 		 309 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 362 aa  477  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  78.6 
 
 		 309 aa  476  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  76.31 
 
 		 304 aa  467  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  71.57 
 
 		 304 aa  449  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 307 aa  442  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  65.69 
 
 		 312 aa  428  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  66.01 
 
 		 312 aa  430  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  65.58 
 
 		 325 aa  421  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  68.77 
 
 		 300 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 321 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  63.02 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 331 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  48.83 
 
 		 303 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 303 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  48.49 
 
 		 303 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 303 aa  321  7e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 303 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 303 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 303 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  48.16 
 
 		 303 aa  319  5e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  314  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  49.16 
 
 		 302 aa  311  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 301 aa  305  9.000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 309 aa  249  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 298 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 314 aa  229  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 304 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 333 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.52 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.12 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>