More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1300 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  92.88 
 
 		 309 aa  567  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  87.71 
 
 		 362 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  85.22 
 
 		 304 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  81.27 
 
 		 300 aa  511  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  80.6 
 
 		 300 aa  510  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  79.26 
 
 		 300 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 301 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  77.59 
 
 		 301 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 301 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  77.26 
 
 		 301 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 327 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 327 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 307 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 327 aa  494  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  77.26 
 
 		 301 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 		 300 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  77.26 
 
 		 301 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 304 aa  436  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  68.09 
 
 		 307 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  65.26 
 
 		 312 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 324 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  65.58 
 
 		 312 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 321 aa  407  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  65.12 
 
 		 300 aa  407  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 310 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  63.23 
 
 		 325 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  51.5 
 
 		 303 aa  332  6e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  51.5 
 
 		 303 aa  332  6e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  50.83 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 331 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 303 aa  319  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  318  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  316  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 304 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  49.01 
 
 		 302 aa  311  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  48.49 
 
 		 301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.86 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 306 aa  242  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 307 aa  238  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  236  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 313 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 335 aa  229  5e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 300 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.1 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 324 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.4 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 304 aa  221  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.18 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0086  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 317 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>