More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0457 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  78.39 
 
 		 312 aa  498  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  78.06 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  77.74 
 
 		 307 aa  491  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  76.18 
 
 		 321 aa  490  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 324 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 325 aa  477  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  74.19 
 
 		 304 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  70.93 
 
 		 310 aa  457  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  63.02 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  63.34 
 
 		 301 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  62.7 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  63.34 
 
 		 327 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  62.58 
 
 		 300 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  62.38 
 
 		 307 aa  401  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  63.02 
 
 		 300 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 362 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  62.08 
 
 		 304 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 300 aa  368  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 309 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  61.94 
 
 		 309 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  61.94 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 303 aa  291  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 303 aa  291  7e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 303 aa  291  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 303 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  47.27 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  47.59 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 331 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 303 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  43.23 
 
 		 303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 303 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 303 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 303 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  45.81 
 
 		 302 aa  271  8.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.39 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.54 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.66 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 313 aa  202  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.45 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 324 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.44 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.39 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>