More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7085 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  584  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.27 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.57 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  221  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 314 aa  217  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.87 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 335 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.16 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 342 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 555 aa  212  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 296 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 292 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 338 aa  207  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.38 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.72 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 297 aa  206  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 327 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  38.57 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 319 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  205  7e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 334 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>