More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2617 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  90.7 
 
 		 301 aa  563  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 301 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  46.67 
 
 		 298 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 294 aa  258  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 297 aa  255  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.33 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  43.85 
 
 		 291 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 294 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 294 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 293 aa  228  8e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  226  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  42.61 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 353 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 288 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 335 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 367 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 367 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 355 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 351 aa  219  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 362 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 349 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 349 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 297 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 295 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  38.1 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  41.05 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.22 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.91 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.97 
 
 		 288 aa  198  9e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 312 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  195  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 289 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.14 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>