More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1919 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  627  1e-178  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 335 aa  269  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.28 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.53 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 302 aa  255  8e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 309 aa  252  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 306 aa  248  6e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 297 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.16 
 
 		 309 aa  245  8e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 297 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.61 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  45.97 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 322 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.1 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  41.22 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 309 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 351 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.33 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 367 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 367 aa  225  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  40.8 
 
 		 313 aa  223  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.68 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.46 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 362 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.33 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 353 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 315 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>