More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4475 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  78.41 
 
 		 302 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  78.41 
 
 		 302 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  76.17 
 
 		 302 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  75.84 
 
 		 302 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  69.1 
 
 		 320 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  61.74 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 302 aa  349  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  55.89 
 
 		 302 aa  348  4e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.89 
 
 		 302 aa  348  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 302 aa  348  6e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 		 305 aa  345  4e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 		 302 aa  343  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  55.03 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  55.7 
 
 		 300 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 		 309 aa  318  5e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.23 
 
 		 317 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 307 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 307 aa  301  9e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 307 aa  299  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  52.23 
 
 		 294 aa  295  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 320 aa  293  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.47 
 
 		 335 aa  291  9e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 314 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 314 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 314 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 314 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 296 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 304 aa  248  7e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 303 aa  241  7e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.33 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.8 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.33 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 322 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 306 aa  217  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.74 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  38.1 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 308 aa  211  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 351 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 313 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 351 aa  208  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  37.25 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.31 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>