More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4777 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  48.49 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 
305 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  48.33 
 
 
302 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
302 aa  279  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 
299 aa  275  8e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
302 aa  269  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.22 
 
 
302 aa  269  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.22 
 
 
302 aa  269  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  47.64 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 
300 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
309 aa  259  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
301 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
306 aa  255  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  47.96 
 
 
306 aa  254  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 
299 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 
302 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.62 
 
 
317 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 
296 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
299 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
299 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
299 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
299 aa  238  9e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
299 aa  238  9e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
299 aa  238  9e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
299 aa  238  9e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 
304 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
307 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 
294 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
320 aa  229  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.46 
 
 
335 aa  229  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
307 aa  229  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
302 aa  229  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
307 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
314 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 
314 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
314 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
314 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 
307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.87 
 
 
300 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
299 aa  208  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 
293 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
322 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
322 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
300 aa  205  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
298 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
300 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.67 
 
 
299 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
313 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
301 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 
301 aa  202  5e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
302 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
300 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 
300 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 
335 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
296 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
300 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
306 aa  199  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
310 aa  196  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
297 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
307 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
313 aa  196  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
299 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
299 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
303 aa  194  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.92 
 
 
307 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
298 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
305 aa  193  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
307 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0835  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
307 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
307 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
334 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
303 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
313 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
313 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  38.06 
 
 
299 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  36.61 
 
 
298 aa  188  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
327 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.84 
 
 
299 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
334 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
334 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>