More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2447 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.42 
 
 		 317 aa  534  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 302 aa  404  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 300 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 302 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  65.41 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  65.41 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  61.64 
 
 		 302 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  61.3 
 
 		 305 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 302 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 309 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 306 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  59.25 
 
 		 306 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 307 aa  334  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 320 aa  332  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 314 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 314 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 314 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  50.97 
 
 		 314 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  54.27 
 
 		 320 aa  319  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 309 aa  318  5e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 302 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  309  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.75 
 
 		 335 aa  280  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 296 aa  276  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.97 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  37.02 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  37.15 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.79 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.2 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.37 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.91 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 322 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 327 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.49 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>