More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2533 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  617  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  69.9 
 
 		 299 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.64 
 
 		 299 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  61.02 
 
 		 301 aa  357  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 300 aa  338  8e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 293 aa  296  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 322 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 308 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.92 
 
 		 305 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 306 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 305 aa  261  8e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 351 aa  258  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 349 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 351 aa  255  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 335 aa  255  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 349 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 353 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 362 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 367 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 367 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  44.41 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  41.95 
 
 		 298 aa  241  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  42.18 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 301 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 316 aa  236  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.68 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.47 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 294 aa  235  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.44 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  232  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 295 aa  232  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.91 
 
 		 308 aa  231  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.16 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  42.96 
 
 		 312 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.26 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 294 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.94 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  38.91 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>