More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2893 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 298 aa  615  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 302 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  65.1 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  65.88 
 
 		 300 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  66.33 
 
 		 299 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 300 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  65.54 
 
 		 300 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  65.54 
 
 		 300 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 300 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  64.75 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 298 aa  361  9e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.59 
 
 		 335 aa  196  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.03 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 335 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  59.15 
 
 		 138 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.1 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 334 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 291 aa  165  8e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.21 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 355 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>