More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3529 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 298 aa  619  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 295 aa  431  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 289 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  63.89 
 
 		 288 aa  420  1e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 288 aa  420  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  65.58 
 
 		 298 aa  404  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  59.52 
 
 		 290 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 292 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 292 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 292 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  61.13 
 
 		 289 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 292 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  60.78 
 
 		 292 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  59.58 
 
 		 292 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  62.19 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  58.68 
 
 		 291 aa  378  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 302 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 293 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  59.09 
 
 		 289 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  57.84 
 
 		 288 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  57.19 
 
 		 289 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  55.59 
 
 		 289 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  54.33 
 
 		 290 aa  352  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  54.7 
 
 		 290 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 304 aa  325  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 298 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  48.78 
 
 		 302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 302 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.13 
 
 		 298 aa  309  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  48.78 
 
 		 298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 300 aa  292  6e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.88 
 
 		 292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 290 aa  261  8e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 326 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 295 aa  235  6e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  228  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 298 aa  224  9e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 296 aa  218  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 317 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 318 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.33 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 293 aa  209  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.9 
 
 		 304 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.79 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>