More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3570 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  632  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  87.04 
 
 
303 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  67.91 
 
 
312 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  68.24 
 
 
312 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  67.91 
 
 
312 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 
367 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 
367 aa  271  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
355 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 
353 aa  269  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
351 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
349 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 
362 aa  268  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
349 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
349 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
349 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
349 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
349 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
349 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.12 
 
 
299 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 
299 aa  221  9e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  40.75 
 
 
355 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
295 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
312 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
322 aa  215  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
313 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
313 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  41.52 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
312 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
299 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 
312 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
331 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  38.26 
 
 
298 aa  211  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
309 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
301 aa  209  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
301 aa  207  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
308 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
313 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.24 
 
 
305 aa  206  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
305 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
306 aa  205  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
298 aa  205  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 
293 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
301 aa  202  5e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  39.12 
 
 
313 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
304 aa  202  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
310 aa  202  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
297 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
314 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
314 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
301 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 
314 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
304 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
314 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
330 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1025  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
336 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.951762  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
298 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
306 aa  199  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0807  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
310 aa  199  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 
311 aa  199  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
315 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.36 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>