More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2712 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  597  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  97.63 
 
 		 295 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  88.1 
 
 		 295 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  87.41 
 
 		 295 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  87.41 
 
 		 295 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 349 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 351 aa  319  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 351 aa  318  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 349 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 349 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 349 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 349 aa  315  7e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 367 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 367 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 362 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 355 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 353 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  38.49 
 
 		 312 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 312 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1227  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207252 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2049  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3220  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000114793  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0864  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1914  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00000121317  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3167  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000000000529291  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1403  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.49 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3206  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000350263  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 300 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2428  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 329 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.886071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4131  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4615  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0591659 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5689  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3753  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  188  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0706  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 328 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.81 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 319 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 309 aa  185  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 328 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 312 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>