More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2002 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 301 aa  371  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  55.33 
 
 		 300 aa  345  4e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 300 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 316 aa  256  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.75 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  42.9 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.26 
 
 		 307 aa  236  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.53 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 304 aa  235  7e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 303 aa  234  9e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 299 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40.61 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.47 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 301 aa  228  9e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  41.55 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 294 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 399 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  37.7 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.84 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 322 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.07 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 353 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 349 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 367 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 349 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 349 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 349 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 349 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>