More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3902 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  598  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  72.26 
 
 		 295 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  71.86 
 
 		 296 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  67.59 
 
 		 399 aa  394  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 299 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 299 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  65.89 
 
 		 299 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 305 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  57.84 
 
 		 293 aa  318  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 294 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 313 aa  294  9e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.03 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 291 aa  256  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.38 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 335 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 297 aa  238  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 294 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  41.92 
 
 		 308 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.38 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.34 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  216  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  41.24 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 289 aa  216  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 362 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.96 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.35 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 327 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 312 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 289 aa  208  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 293 aa  208  8e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.88 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  41.61 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>