More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02101 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 301 aa  623  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 302 aa  334  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 303 aa  311  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  51.67 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 322 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.34 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 322 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.91 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 304 aa  208  7e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.69 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  38.25 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.43 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 367 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 367 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  198  9e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 362 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.58 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.18 
 
 		 309 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 318 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>