More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1116 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  630  1e-180  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 300 aa  258  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  256  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  250  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  43.05 
 
 		 300 aa  250  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  246  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  44.07 
 
 		 305 aa  242  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.81 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  41.49 
 
 		 309 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.62 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  41.87 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 294 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  46.21 
 
 		 293 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 295 aa  227  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 301 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 299 aa  222  8e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.47 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 295 aa  216  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 300 aa  216  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.65 
 
 		 289 aa  216  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.03 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.82 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 399 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 309 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 292 aa  211  9e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3744  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.37 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>