More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3576 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  100 
 
 		 309 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 319 aa  487  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 297 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  59.39 
 
 		 293 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.87 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 301 aa  226  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 322 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.12 
 
 		 293 aa  218  7.999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.8 
 
 		 302 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 295 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 324 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.19 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.06 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.59 
 
 		 290 aa  205  9e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.08 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 299 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 328 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>