More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3280 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  624  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  56.86 
 
 		 300 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  60.33 
 
 		 306 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  56.19 
 
 		 300 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.67 
 
 		 304 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  44.98 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 312 aa  235  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 312 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 335 aa  231  9e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 320 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 320 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 320 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 309 aa  221  8e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  42.71 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 293 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  39.18 
 
 		 289 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  39.18 
 
 		 289 aa  216  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 289 aa  216  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.99 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.62 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  36.45 
 
 		 290 aa  208  8e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 291 aa  208  9e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 297 aa  208  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  40.8 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.97 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 310 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.6 
 
 		 309 aa  205  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.63 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  40.47 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>