More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0121 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  97.97 
 
 		 296 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  94.9 
 
 		 294 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 294 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  93.54 
 
 		 294 aa  563  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 297 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 297 aa  334  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  55.59 
 
 		 314 aa  320  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 298 aa  314  9e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  53.74 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 305 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  53.06 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 294 aa  299  4e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  296  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 294 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 294 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 294 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.3 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 323 aa  289  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 299 aa  289  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 307 aa  287  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 299 aa  286  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  46.55 
 
 		 305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 299 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 308 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 300 aa  250  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3280  LysR family transcriptional regulator  75.97 
 
 		 156 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.52 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 334 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.37 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  40.89 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 342 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.07 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 306 aa  218  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 334 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 334 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>