More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1688 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  640    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  95.41 
 
 		 307 aa  600  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  57.52 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 303 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 303 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 303 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 303 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 307 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.41 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  222  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.07 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 307 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 307 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 296 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 294 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.08 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.98 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 306 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 293 aa  208  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  39.51 
 
 		 295 aa  205  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 322 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>