More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4738 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4891  LysR family transcriptional regulator  87.21 
 
 		 306 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5379  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 306 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2987  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 306 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  68.32 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4701  transcriptional regulator, LysR family  57.53 
 
 		 296 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0587267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2378  transcriptional regulator, LysR family  53.69 
 
 		 300 aa  314  9e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.550059  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 305 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  37.98 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 335 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 312 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  38.75 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 310 aa  192  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.15 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  36.61 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.12 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 351 aa  188  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 308 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>