More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5596 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  73.84 
 
 		 321 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  71.85 
 
 		 306 aa  456  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  70.1 
 
 		 307 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  68.54 
 
 		 313 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  68.54 
 
 		 304 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  68.21 
 
 		 305 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  68.56 
 
 		 314 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  67.66 
 
 		 310 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3953  transcriptional regulator, LysR family  61.95 
 
 		 297 aa  364  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 313 aa  345  4e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 340 aa  342  5.999999999999999e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 309 aa  332  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 303 aa  326  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  55.56 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 304 aa  318  7e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 315 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 302 aa  301  6.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  45.27 
 
 		 303 aa  293  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 342 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  44.59 
 
 		 303 aa  278  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 303 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 334 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 301 aa  274  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 334 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1380  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 335 aa  258  9e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 303 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  45.39 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 303 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  43.58 
 
 		 297 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.11 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 303 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  44.48 
 
 		 295 aa  248  7e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 305 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 299 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 299 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 299 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 316 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3728  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  242  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3011  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0343  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 415 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 435 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 428 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 324 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0607  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.822767  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0547  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.88 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>