More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2062 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  616  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  99.03 
 
 		 310 aa  610  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  94.84 
 
 		 310 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 		 309 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 337 aa  325  5e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 383 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  44.19 
 
 		 327 aa  261  6.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2610  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 292 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.55 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  34.98 
 
 		 311 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 312 aa  210  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 555 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 315 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  198  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1765  transcriptional regulator, LysR family  39.34 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.389128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  38.19 
 
 		 309 aa  195  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 362 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 316 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 316 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>