More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4256 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  600  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  62.89 
 
 		 303 aa  381  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 315 aa  355  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 304 aa  342  5.999999999999999e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 304 aa  341  1e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 383 aa  340  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 304 aa  320  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  51.19 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2610  LysR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 292 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 310 aa  269  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  45.42 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 337 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.87 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.83 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 335 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 325 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 327 aa  208  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 362 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 331 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  41.18 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.13 
 
 		 309 aa  199  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.49 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.75 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 333 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1765  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.389128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>