More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2488 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 300 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  93.31 
 
 		 300 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 301 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 301 aa  550  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  88.33 
 
 		 307 aa  551  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 301 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 301 aa  551  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 301 aa  550  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  88.67 
 
 		 301 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 327 aa  547  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 327 aa  545  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 327 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 		 300 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  80.6 
 
 		 309 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  80.6 
 
 		 309 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  80.6 
 
 		 309 aa  484  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  79.46 
 
 		 362 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  78.05 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  69.9 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 307 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  65.36 
 
 		 312 aa  425  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  65.69 
 
 		 312 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 321 aa  418  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 310 aa  411  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 325 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  62.7 
 
 		 314 aa  401  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 331 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 303 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 303 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 303 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 303 aa  328  9e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 303 aa  326  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 304 aa  325  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  323  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  51 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 303 aa  323  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 303 aa  322  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  48.16 
 
 		 303 aa  322  5e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 303 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  47.49 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 301 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 309 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.34 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 313 aa  238  9e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.67 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 311 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 313 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 304 aa  225  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  40.97 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 555 aa  221  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>