More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2133 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 335 aa  680    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 303 aa  364  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 298 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 298 aa  362  6e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 298 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 298 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  56.12 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  55.96 
 
 		 302 aa  356  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 295 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 296 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 298 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 305 aa  328  9e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 299 aa  311  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 304 aa  300  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  50 
 
 		 293 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 307 aa  269  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.46 
 
 		 302 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 302 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.45 
 
 		 305 aa  258  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 294 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  44.37 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  46.05 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 310 aa  252  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.69 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 299 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  44.64 
 
 		 295 aa  249  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 294 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 304 aa  245  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 303 aa  245  6e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  40.27 
 
 		 289 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  40.27 
 
 		 289 aa  243  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  41.84 
 
 		 289 aa  242  6e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 299 aa  242  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 351 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.14 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 289 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 293 aa  240  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 294 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 296 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 302 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  43.14 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  41.84 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.81 
 
 		 309 aa  238  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 305 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.46 
 
 		 298 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>