More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2292 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 298 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  52.17 
 
 		 307 aa  336  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 299 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 296 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  332  5e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  51.17 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 298 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 298 aa  328  7e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  53.18 
 
 		 335 aa  328  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 295 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 298 aa  326  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 303 aa  311  9e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  265  8e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 304 aa  258  6e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.64 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 309 aa  242  7e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.44 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 316 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  225  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  225  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.02 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.12 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.05 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 350 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 327 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 292 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  219  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.55 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 293 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 292 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  41.99 
 
 		 300 aa  217  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  37.16 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 293 aa  216  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 289 aa  216  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 295 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.4 
 
 		 289 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 321 aa  212  7e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  36.58 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>